非法占用农用地确实存在单位犯罪的情形。依据《刑法》相关规定，单位若违反土地管理法规，非法占用农用地并改变其用途，数量较大且导致农用地大量毁坏的，单位将被判处罚金，同时其直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能面临五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金的处罚。不及时处理此类违法行为，将导致农用地资源严重破坏，生态环境受损，甚至可能引发更严重的社会问题和法律后果。
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1. 轻微违法，可通过行政处罚，如罚款、责令恢复原状等；
2. 民事纠纷，可通过协商、调解或民事诉讼解决；
3. 构成犯罪的，应追究刑事责任，单位及直接责任人员可能面临刑罚。
具体操作需根据土地管理法规、刑法等相关法律规定，结合案件具体情况进行。